Un'altra tradizione fa risalire il nome della città all'eroe Kroton, fratello di Alcinoo re dei Feaci.
Infine, una possibile spiegazione del nome, lo lega al verso emesso dagli aironi (il crocidìo) delle gru che abitavano le antiche paludi costiere. Ecco perchè compare un airone di fianco al tripode raffigurato su alcune tra le più antiche e bellissime monete argentee coniate ed incise a Kroton.
Dopo una coesistenza iniziale relativamente pacifica, tra le città magnogreche, verso la metà del VI secolo a.C. iniziarono le discordie, che riproducevano a distanza lo scontro tra Atene e Sparta. Nel 560 a.C. Kroton contro Locri si avviarono verso una guerra decennale, che si concluse con la battaglia della Sagra, vinta dai Locresi, che erano ben sostenuti da Sparta.
La città di Kroton era famosa per il suo clima salubre, per la molta bellezza nelle sue donne, per le fertili campagne e per la forza fisica dei suoi uomini, tra cui ricordiamo il pluri-olimpionico Milone, tanto che superò ogni altra città greca nel numero di vincitori nei Giochi olimpici: un proverbio infatti diceva "ultimo dei Crotoniati, primo dei Greci". Una leggenda narra che Milone partì dalla polis ionica portando un vitello e giunse ad Olimpia con un toro sulle spalle, destando meraviglia e clamore, e vincendo quindi numerose gare.
La costa presentava un profilo molto diverso da quello odierno. Nel tratto di mare tra l'antica Krimisa (l'odierna Cirò, patria di un vino che - secondo alcuni eruditi - veniva dato in premio ai vincitori dei giochi olimpici) e l'attuale Le Castella, a poche miglia dalla riva secondo Plinio il Vecchio (cit.:-Naturalis Historia - Liber Iii - 10) sarebbero esistite cinque isole ben visibili dalla costa, oramai inghiottite dal mare: Meloessa, Tyris, Eranusa , Ogigia e Dioscoro (quest'ultima a 10 miglia dalla costa)(tutte situate tra Capo Colonna e Le Castella). A Le Castella sono presenti resti archeologici sommersi. In particolare, nel fondale antistante il castello,il noto archeosub Luigi Cantafora, ha fotografato resti di cave sommerse, scale, e cisterne per l'approvvigionamento d'acqua ed olio.
Kroton fu anche nota per i suoi grandi medici tra cui ricordiamo Democède (molto amico di Pitagora) ed Alcmeone, il quale introdusse la sperimentazione e la ricerca, trasformando la medicina, che fino ad allora era solo magia e superstizione, in una vera e propia scienza.
Pitagora, nato a Samo nel 572 a.C. si trasferì - intorno al 530 a.C. - a Kroton presso l'amico Democède, creando una Scuola di pensiero, sapere di scienza, matematica, musica, la "Scuola Pitagorica".
Dopo l'arrivo di Pitagora, Kroton si mise contro Sibari, fino ad allora sua alleata. Nel 513 a.C., tre nobili crotoniati vennero sgozzati e i loro corpi furono dati in pasto ai lupi che popolavano le paludi intorno a Sibari, perché uno di loro si era innamorato di una bellissima vestale dagli occhi azzurri, che aveva tentato di rapire. Questo fatto, aggiunto alla rivalità centenaria fra le due città dovuta a motivi commerciali, politici e di diversa appartenenza religiosa, convinsero i crotoniati a scendere in guerra contro Sibari. Nel 511 a.C. iniziò una battaglia nei pressi del fiume Hylia (l'odierno Fiume nicà tra Crucoli e Cariati), da dove i crotoniati inseguirono e annientarono le forze sibarite in una battaglia finale al guado del fiume Trionto (nei pressi di Mirto Crosia). Secondo la leggendaria tradizione, si erano fronteggiati ben 100.000 crotoniati, guidati dall'atleta olimpico Milone, contro i sibariti che li superavano per tre volte (300.000). La vittoria arrise a Kroton nonostante l'inferiorità numerica, poiché i sibariti usarono, per la battaglia, cavalli ammaestrati a eseguire passi di danza negli spettacoli al suono dei flauti. I crotoniati, nella Battaglia di Nika, iniziarono a suonare i flauti, eseguendo la stessa melodia con la quale i cavalli erano stati ammaestrati per danzare, col risultato che le avanguardie delle truppe sibarite furono disarcionate immediatamente. E dopo settanta giorni di saccheggi venne deviato, sembra su idea di Pitagora, il corso del fiume Crati i cui flutti fecero sparire Sibari per sempre.
Pitagora con i suoi discepoli conquistò il potere politico della città: in pochi anni si consolidarono governi pitagorici in molte polis della Magna Grecia costituendo una sorta di confederazione fra città-stato con capitale Kroton, come risulta da numerose monete coniate fra il 480 e il 460 a.C.
Giunta al massimo della sua egemonia politica e culturale, Kroton fu travolta da vari conflitti sociali che sfociarono nella sanguinosa rivolta guidata dall'oligarca Cilone durante la quale molti pitagorici furono trucidati e lo stesso Pitagora dovette fuggire da Kroton per rifugiarsi a Metaponto. Nel contempo caddero anche gli altri governi e vi furono stragi e persecuzioni di pitagorici in tutte le polis italiote.
Nel 480 a.C. Faillo di Crotone armò a sue spese una nave radunando tutti i crotoniati che si erano rifugiati in Grecia e partecipò alla battaglia di Salamina. Mezzo ceppo d'ancora in pietra riportante il suo nome è stato rinvenuto a Capo Cimiti, e attualmente è conservato presso il Museo Nazionale di Reggio Calabria.
Caduto il governo pitagorico, Kroton visse un periodo di decadenza. Costituì, con Metaponto e Caulonia, la Lega Italiota per difendersi dagli attacchi delle popolazioni lucane. Nel 383 a.C. la federazione fu sconfitta da Dionigi I di Siracusa in una sanguinosa battaglia.
I Romani conquistarono Kroton, Croto in latino, nel 277 a.C., guidati dal console Cornelio Rufino. Durante la seconda guerra punica, Annibale vi tenne i suoi accampamenti invernali per tre anni e di qui si imbarcò per l'Africa nel 203 a.C. Nel 194 a.C. vi fu dedotta una colonia romana.
Alcuni importanti Resti di elementi architettonici appartenenti ad edifici monumentali di epoca greca (precisamente del V sec. a.C.) sono stati individuati (fine anni novanta del XX sec. -precisamente l' anno 2007) in Piazza Castello, corrispondente al punto più alto dell'acropoli dell'antica pòlis.
Gli scavi nel 2009-2010 della Soprintendenza per i Beni Archeologici della Calabria - Ufficio territoriale di Crotone hanno individuato un grande edificio del I-II secolo d.C. con impianto termale, collocato sul versante nord-orientale dell'attuale centro storico (discesa Fosso-Largo Palazzo Giunti). Tale edificio nasce su una domus di età repubblicana, attribuibile alla colonia romana del II sec. a.C. A sua volta, tale costruzione poggia le sue fondazioni sui resti delle mura urbiche di età greca (IV sec. a.C.), costruite in grandi blocchi di calcarenite locale. Il complesso è stato assurdamente reinterrato e non è attualmente, in alcun modo visitabile su decisione dell'amministrazione locale (Assurdo).
Medioevo
Decaduta durante l'impero romano, la città risorse nuovamente in epoca bizantina, quando fu sede di un presidio (547). Nel 597 fu occupata dai Longobardi del Ducato di Benevento, sotto cui restò solo per poco tempo.
Le ricerche archeologiche (2009-2010) a piazza Villaroja, nel settore sud-occidentale del centro storico, della Soprintendenza per i Beni Archeologici della Calabria hanno messo in luce una chiesa paleocristiana (intitolata forse a San Giorgio) fondata direttamente sui resti della città d'età romana imperiale.
Nel 1284 fu concessa dagli Aragonesi ai Ruffo di Catanzaro. Alla morte nel 1434 di don Niccolò, figlio di Antonello e ultimo marchese di Crotone, gli successe la figlia Giovannella, assassinata nella sua dimora un anno dopo. Indi le successe la sorella Enrichetta, che sposò in seconde nozze il nobile spagnolo Don Antonio Centelles, conte di Collesano e principe di Santa Severina, senza eredi.
Indagini dirette dalla Soprintendenza per i Beni Archeologici della Calabria (2010-2011) nel cosiddetto Orto Candela, ai piedi della "cortina de lo critazzo" posta tra i Bastioni di San Giacomo e Santa Caterina, hanno riscoperto i resti della Torre di Santa Maria, pertinente al più antico castello medievale.
Età moderna
Il re di Spagna Carlo V le concesse ampi privilegi, e ne fece potenziare il porto. Nel 1541, il viceré Don Pedro di Toledo fece restaurare e fortificare il castello preesistente, oggi noto come "Castello di Carlo V", con intervento ad opera di Gian Giacomo dell'Acaya.
Nel XVI secolo la città venne chiamata "Cotrone".
Le ricerche sviluppate dalla Soprintendenza per i Beni Archeologici della Calabria (2010-2011), portano alla luce notevoli resti di edifici pertinenti ad età borbonica nel cosiddetto Orto Candela, ai piedi del castello.
Storia recente
Nel 1907 viene inaugurato il primo acquedotto di Crotone, voluto da Eugenio Filippo Albani, che porta in città le fresche acque della Sila, captate dalle sorgenti - di proprietà comunale - poste sul monte Gariglione. Ora tali sorgenti sono disperse e sfruttate da allacci non autorizzati, mentre a Crotone si beve l'acqua del fiume Neto.
Nel 1928 la città cambiò nome da Cotrone a "Crotone".
Il suo porto, che strategicamente colma le distanze fra i vicini porti di Taranto e Messina, favorisce ogni attività di scambio e si propone come traino per l'economia agricola e le attività industriali.
L'insediamento industriale ha visto la città protagonista nel periodo a cavallo fra le due guerre mondiali, anche grazie alla vicinanza con la centrale idroelettrica di Calusia, presso Cotronei. La popolazione crotonese raddoppia durante gli anni trenta, fino a superare i 60.000 abitanti odierni. Alla fine degli anni ottanta le industrie principali, Pertusola Sud e Montedison, soffrono una profonda crisi, della quale risente l'intera città. Al 6 settembre 1993 risale la cosiddetta "notte dei fuochi": durante una rabbiosa protesta gli operai appiccarono alcuni fuochi sull'asfalto delle strade usando il fosforo prodotto nello stabilimento chimico già Montedison.
Migliaia di crotonesi persero il posto di lavoro, e questo accentuerà l'inevitabile emigrazione di massa verso città del nord. Tante promesse, tanti progetti, tanti nuovi enti e consorzi per lo sviluppo ma pochi, pochissimi risultati e, in attesa del rilancio turistico, Crotone divenne provincia nel 1992.
Un'altra battuta di arresto per la città è data dall'alluvione del 1996, che danneggia gran parte delle abitazioni a ridosso del fiume Esaro e stronca sei vite umane ed il morale della città.
Simboli
Stemma di Crotone